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澎湖列島の海岸線が曲がり、岬、湾以外に、海食台、海食崖、海食洞及び砂浜海岸、岩石海岸もあり、その地形は非常に複雑です。
列島の地勢は緩やかで、ほとんどの島の周囲は絶壁となり、頂上が平坦です。顕著な高山の起伏が無く、典型的なメサ地形となっています。その主な原因は海底火山から玄武岩質の溶岩流が噴出し、数層の海成化石を挟んだ水成岩層は、海底で数回の緩慢な活動を経た後、平坦な海底地形が形成され、更に幾度もの海水面昇降の変動を経て、海水面に露出し、これに侵食作用が加わり、今日の陸地の地形が形成され、澎湖がその最も顕著な特徴を持っています。
『澎湖列島における島々の数量精査委託計画』の精査結果によると、列島海岸線の総長は448.974kmで、地勢は南から北に向かって低くなる傾向にあり、最高点が大猫嶼の70m、北に向かうと七美嶼の64m、望安島の54m、馬公島の56m、白沙嶼の24m、吉貝嶼の18mで、目斗嶼になると約14mに下がり、最北の大嶢礁、二嶢礁が徐々に平坦になっています。