澎湖列島の地質は、更新世における火山作用からなり、その組成は花嶼が安山岩質の火成岩であることを除き、大半が玄武岩質の火成岩となっています。このうち沈積岩が混じりのは、第三紀末期以降に生じた岩層となっています。その構造から見ると、澎湖の地層を4群に分けることができ、年代順により海浜堆積層、湖西層群、小門嶼群以及び漁翁島群となり、花嶼珪質岩層の花嶼群の年代は更に古く、古生代～中生代の岩体に属し、現在澎湖の住民がいる地層は、大半漁翁島層となっています。
ここの玄武岩は、柱状節理が特徴的に発達し、規則的に配列されているため、珍しい地形景観を形成しています。その他、玄武岩が形成された際、緻密質或いは多孔質となるため、多孔質はマグマの中のガスが放出されて多数の気孔が生じたもので、これら気孔に多色の炭酸根イオンを含む鉱物が沈殿充填し、その大部分を霰石が占め、澎湖の独特な宝石となり、つまり有名なアラゴナイトとなっています。世界でもイタリアにだけ類似の石種があります。