本局組織架構為：
局長、副局長、祕書
火災預防科、災害搶救科、災害管理科、火災調查科、緊急救護科、救災救護指揮中心、督導企劃科、政風室、人事室、會計室
第一大隊下轄分隊為：馬公分隊、澎南分隊、、虎井分隊、桶盤分隊、望安分隊、將軍分隊、花嶼分隊、七美分隊
第二大隊下轄分隊為：湖西分隊、白沙分隊、西嶼分隊、大倉分隊、鳥嶼分隊、員貝分隊、吉貝分隊

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